העדויות הראשונות המעידות על קיום יהודים ביוון הן מהתקופה ההלניסטית (תקופה שנמשכה בין השנים 323 לפנה"ס ועד 30), ולפיהן חיו יהודים בערים סלוניקי, לאריסה, ביזנטיון ועוד.

בתנ"ך מצויים מספר מקומות שמעידים על יישוב יהודי ביוון גם בתקופות קדומות יותר:

• ”ובני יהודה ובני ירושלם מכרתם לבני היונים למען הרחיקם מעל גבולם” (יואל ד', ו')
• ”ושמתי בהם אות ושלחתי מהם פליטים אל הגוים תרשיש פול ולוד משכי קשת תבל ויון האיים הרחקים אשר לא שמעו את שמעי ולא ראו את כבודי והגידו את כבודי בגוים” (ישעיהו ס"ו, י"ט)

במחצית הראשונה של המאה השלישית לפנה"ס ישנן ידיעות על קשר בין יהודה וספרטה. ספר מקבים א' מתאר חליפת מכתבים בין יונתן הוופסי לבין אנשי אשפרתא, היא ספרטה – חליפת מכתבים שנועדה לחדש קשר קודם. מכתבו של הקונסול הרומאי מ-142 לפנה"ס, שהעתקים ממנו נשלחו לספרטה וסיקיון שבפלופונסוס, מעיד על קיום יישובים יהודים במקומות אלה. הכהן הגדול חוניו השלישי נמלט לספרטה מפני אנטיוכוס אפיפנס; אדם במעמדו נמלט רק למקום שיש בו קהילה שתקיים אותו ברמת חיים גבוהה.

הממצא הארכאולוגי הקדום ביותר הוא כתובת מן המאה ה-3 לפנה"ס שבה נזכר עבד משוחרר, מוסכוס בן מוסכיאון שישב בעיר הנמל אורופוס שבאזור בויאוטיה. בתקופת גזרות אנטיוכוס (168 לפנה"ס) ומרד המכבים, גדל מס' היהודים שהובאו ליוון כעבדים, כפי שמעידות כתובות מן התקופה הזאת שנמצאו בדלפי. לאחר שחרורם התיישבו רבים מהם במקומות שאליהם הובלו.

במאה השנייה לפנה"ס זכה הורקנוס, מראשי הקהילה היהודית באתונה, לכבוד רב כאשר הוצב פסל בדמותו באגורה. אדם בשם שמעון בן חנניה מתועד אף הוא באתונה, ואילו בדלוס נזכרות שתי נשים יהודיות, הרקלאה ומרתינה, אשר נרצחו. האי דלוס הניב גם כתובת המוקדשת להורדוס מלך יהודה, וכן כתובת נוספת לכבוד בנו, הטטררך הורדוס אנטיפס, שנתגלתה במקדש אפולו.^[2]

במאה ה-1 לספירה היו, לפי עדותו של פילון האלכסנדרוני יהודים ברוב חלקי הפלופונסוס. פאולוס מצא יהודים ובתי כנסת בעיר קורינתוס. במסעו המיסיונרי השני פעל להטפה בבית הכנסת של סלוניקי, עד שגורש מן העיר בידי הקהילה היהודית.

בזמן המרד הגדול, אספסיאנוס שלח אלפי שבויים יהודים אל נירון קיסר לעבוד באיסתמוס הקורינתי. כתובת קבורה שנתגלתה בטיינארום, בקצה חצי האי מאני שבפלופונסוס (קיפריסה של ימינו), מתעדת אדם בשם יוסטוס, בנו של אנדרומכה, בן העיר טבריה. מקובל לראות בו פליט מן הדור הראשון או השני, שנעקר מיהודה בעקבות המרד הגדול.^[2]

עדויות לנוכחות יהודית מן המאות השנייה והשלישית לספירה כוללות שלוש כתובות המשלבות דימויים של המנורה עם שמות עבריים ושמיים, אשר נתגלו באתונה, בארקאדיה ובפלטאיה. תקופה זו משקפת התחזקות של הזהות היהודית באמצעות אימוץ הולך וגובר של שמות עבריים לילדיהם של הורים בעלי שמות יווניים. דפוס זה ניכר בשמות כגון "יששכר בן הרקלידס" ו"בנימס בן לאכארס".^[2]

קיסר האימפריה הרומית קונסטנטינוס הפך את דת הקיסרות לנצרות ואף הטיל חוקים שהקשו על חיי היהודים ביוון, אך גם פגע בפגאנים שחיו באותה תקופה ביוון. באותה עת החלה התבוללות מסוימת בקרב יהודי יוון. הובטח להם שאם ימירו את דתם לנצרות, ההגבלות תפוגנה. אבל דבר זה לא קרה, ויהודי יוון חיו במשפחות יהודיות מפולגות שכללו את החלק מבני המשפחה שבינתיים המירו את דתם לנצרות. בתקופה הביזנטית סבלו יהודי יוון, בדרך כלל, מרדיפות ומגבלות חוקיות קשות.

בשנת 1204, בעקבות מסע הצלב שבו נחרבה העיר קונסטנטינופול החלו להתעורר בקהילה תקוות משיחיות.

עד כיבוש יוון על ידי האימפריה העות'מאנית בשנת 1453 היו עליות ומורדות בחיי היהודים לפי מצב רוחם של השליטים באותה עת. בזמן השלטון העות'מאני בין השנים 1453 עד 1832 זכו היהודים לחופש דתי ופולחני בגלל סובלנותם של השליטים הטורקים. לאחר גירוש ספרד גדלה הקהילה מאוד, בקולטה גולים מספרד ופורטוגל שהגיעו ליוון, שהייתה חלק מהאימפריה העות'מאנית שהסכימה לקבל יהודים רבים. הקהילה קיבלה ברובה הגדול את מנהגי יהדות ספרד ואת שפת הלאדינו ועמדה בקשרים הדוקים עם פוסקי הלכה בטורקיה. על-פי רוב עמדו היהודים בקשרים טובים יותר עם הטורקים שהתיישבו ביוון מאשר עם היוונים. צמיחתה של קהילת סלוניקי מוסברת בין היתר בכך שעיר זו הייתה בתקופה העות'מאנית בעלת אופי טורקי יותר מאשר יווני.

בשנת 1821 עם התקוממות היוונים כנגד הטורקים במלחמת העצמאות היוונית, תמכו רוב יהודי יוון בטורקים. בעקבות זאת, נרצחו כ-5,000 יהודים בחצי האי פלופונסוס בשל אהדתם לצד הטורקי בעימות. פרעות ביהודים נלוו למלחמה בטורקים, ולפיכך היגרו יהודים רבים מיוון למדינות אחרות.

בחג הפסחא של שנת 1847 אירעו פרעות אנטישמיות שבמהלכן נפגע רכושו של דוד פסיפיקו, סוחר בעל אזרחות בריטית. ממשלת בריטניה הטילה מצור ימי בן שנתיים על יוון, עד שהממשלה היוונית נעתרה לדרישתה ופיצתה את פסיפיקו.

ערך מורחב – שואת יהודי יוון

על פי סקר שנערך בנובמבר 1941, חיו ביוון באותה שנה 78,750 יהודים, מהם 55,000 בסלוניקי, 3,000 בקורפו, 3,000 בקוואלה, 3,000 ביאנינה, 2,500 באתונה.^[3] 1,200 נוספים התגוררו בלאריסה, 900 בקסטוריה, 900 בוולוס, 500 בטריקלה, 400 בפלורינה ו-325 בכלקיס. כמו גם בעוד כ-20 קהילות נוספות 650 בווריה, אלכסנדרופולי, ארטה,דידימוטיכו, דרמה, זקינטוס, חאניה, סרס, פטראס, פרווזה, קומוטיני, קוס, רודוס, ניאה אורסטיאדה, קרדיצה, אגריניו, לנגדה, קסנטי, קטריני, נאוסה, סופלי, הרקליון.

לאחר הכיבוש הגרמני בשנת 1941, בזמן מלחמת העולם השנייה, נשלחו כ-46,000 יהודים מבני קהילת סלוניקי הגדולה לאושוויץ, ושם נרצחו רובם. בסך הכל נרצחו במהלך השואה כ-60,000 מיהודי יוון, כ-80% מהיהודים שהיו בה לפני המלחמה.^[4] מספרם הכולל של הניצולים שנמצאו ביוון מייד לאחר המלחמה נאמד בכ-10,000 איש, רובם התרכזו באתונה, סלוניקי ולריסה. בינואר 1945 נספרו באתונה 4,985 יהודים ובסלוניקי כ-2,000 יהודים.^[3] רבים מהניצולים היגרו לאחר מכן לארץ ישראל ומיעוט מהם לארצות הברית, קנדה ואוסטרליה.

בשנות האלפיים מונה הקהילה היהודית ביוון כ-5,300 יהודים, מתוכם כ-3,500 באתונה ו-1,000 בסלוניקי. בשניהם פועל גם בית חב"ד מקומי. קהילות קטנות קיימות גם בלאריסה, וולוס, קורפו, יואנינה, רודוס, זקינטוס, כלקיס וטריקלה.