ברנשטיין חיסל את עסקיו בהולנד ועלה ב-1936 לארץ ישראל בעקבות ילדיו דוד ורחל, שעלו כבר ב-1935 ונמנו עם הגרעין המייסד של קיבוץ שדה נחמיה. השתקע עם רעייתו ובתו יהודית בשכונת רחביה בירושלים.^{[3][דרוש מקור]}

בארץ עסק בהשקעות ופיתוח בניינה. בשנת 1937 היה מעורכיו הראשונים של עיתון "הבוקר". הוא נבחר לוועד הפועל של הציונים הכלליים, ובשנת 1943 היה לנשיא המפלגה. ברנשטיין תמך ביוזמה חופשית ככלי לפיתוח הארץ. ב-1946 עם הקמת תנועת המרי העברי מונה ברנשטיין לחבר בוועדת איקס שאישרה את פעולות התנועה, ובהתאם לתוצאות הבחירות לקונגרס הציוני ולאסיפת הנבחרים, מונה לראש מחלקת המסחר והתעשייה בסוכנות היהודית, יחד עם יצחק גרינבוים שמונה לשר הפנים. מתוקף תפקידו הציג בפני ועדת אונסקו"פ סקירה על המצב הכלכלי בארץ ישראל שעשתה רושם רב על הוועדה.^[1]

במסגרת תפקיד ראש מחלקת המסחר והתעשייה, היה ברנשטיין לחבר במנהלת העם, והיה לאחד מששת חברי המנהלה שהצביעו בעד הקמת מדינת ישראל. בתפקיד זה המשיך במהלך מלחמת העצמאות במסגרת הממשלה הזמנית, ודאג לשמר את פעילותם של בתי הזיקוק בחיפה.

לאחר קום המדינה ניסו שני זרמי הציונים הכלליים להתארגן כמפלגה אחת ומגובשת, צעד שעלה בתוהו. בבחירות לאספה המכוננת זכו הציונים הכלליים בראשות ברנשטיין לשבעה מנדטים בלבד, והמפלגה הלכה לאופוזיציה. בתחילת שנות החמישים ועל רקע מדיניות הצנע, זכו הציונים הכלליים להישגם הגדול ביותר בבחירות, כשהגיעו לעשרים מנדטים בבחירות לכנסת השנייה. בתחילה בחר בן-גוריון להקים ממשלה בלי הציונים הכלליים, אך לאחר כשנה פנה אליהם והקים ממשלה חדשה, בה קיבלו הציונים הכלליים ארבעה תיקים. במסגרת ממשלה זו מונו ארבעת ראשי המפלגה לשרים, כשברנשטיין שב למשרד המסחר, ישראל רוקח התמנה לשר הפנים, ולמשרדי התחבורה והבריאות מונו ברוטציה זה עם זה יוסף ספיר ויוסף סרלין. חברות זו נמשכה גם בממשלתו של משה שרת עד לפסק הדין במשפט קסטנר. על רקע פסק הדין נמנעו חברי המפלגה בהצבעה על הצעת אי אמון שהגישה תנועת החרות, וסירבו לדרישתו של שרת להתפטר מן הממשלה, מה שהוביל להתפטרותו של שרת ולבחירות לכנסת השלישית. הציונים הכלליים הגיעו למערכת הבחירות כשאינם מוכנים, ואיבדו שבעה מנדטים.

בשנות השישים ירד ברנשטיין ממעמדו בהנהגת הציונים הכלליים ונדחק לשוליים על ידי יריביו. הוא מונה לנשיא מפלגת הציונים הכלליים במקום ליושב ראש המפלגה. עם הקמת המפלגה הליברלית הסכים ברנשטיין לוותר על בכירותו ולא לעמוד בראש הרשימה, ובמקום זאת הונהגה המפלגה בתחילה על ידי פנחס רוזן איש המפלגה הפרוגרסיבית. בעקבות כישלון המפלגה, ועל רקע האכזבה מן הפרוגרסיבים, הסכים ברנשטיין למגעים עם חרות שהולידו לבסוף את גח"ל, ולפרישת הפרוגרסיבים למפלגה נפרדת. הוא היה מועמד לנשיאות המדינה בבחירות לנשיאות ב-1952, אך הפסיד ליצחק בן-צבי. ב-1963 התמודד שוב על התפקיד, והפסיד לזלמן שזר. בשנת 1965 החליט ברנשטיין לפרוש מן הפוליטיקה, והתמודד כמועמד אחרון ברשימת גח"ל לבחירות לכנסת השישית.

ברנשטיין נישא בראשונה לז'ני שרלוטה (חיה), ילידת 1892 בהולנד. לבני הזוג נולדו ארבעה ילדים. בן אחד נפטר בינקותו. דויד, רחל ויהודית נולדו בהולנד. כיוון שרק אביה של ז'ני היה יהודי, נאלצו ילדיהם להתגייר. רעייתו עברה גם היא גיור בארץ ישראל. בן הזקונים, משה (לימים ענבר), נולד ב-1938 לאחר גיור האם. בני הזוג השתקעו תחילה בירושלים, בתקופה בה ישבה הכנסת בתל אביב, עברה המשפחה לתל אביב. כחלק מהתפיסה הציונית עִברתו בניו את שם המשפחה. בתו, יהודית, נישאה למאיר בן אורי. רחל נישאה לפנחס אנדרסון.

לאחר מותה של ז'ני בשנת 1961 נישא ברנשטיין בשנית לאדולפין (פין) ויחבנו (1899–1984), ילידת אמסטרדם, עיתונאית ואשת ציבור יהודייה-הולנדית בולטת.

פרץ ברנשטיין נפטר בשנת 1971, והוא בן שמונים. הוא נקבר בבית הקברות סנהדריה. אלמנתו עברה לאחר פטירתו להתגורר בלונדון, לצד בנה (מנישואיה הראשונים).

על שמו רחובות בירושלים, רמת גן אשקלון וחיפה. בבאר שבע יש משעול על שמו. בעיר הולדתו, מיינינגן, הוצב שלט להנצחתו, על בית הולדתו.