Cデッキ

• Cクラス客室
  • 専用シャワー・トイレ付4名×7室
  • 共用シャワー・トイレ付4名×21室・2名×1室
• 診療所

Bデッキ

• Bクラス客室
  • B2客室：共用シャワー・トイレ付2名×11室、3名×2室
  • B4客室：共用シャワー・トイレ付4名×37室
• 洗濯室

Aデッキ

• Aクラス客室（共用シャワー・トイレ付3名×20室、4名×32室）
• 洗濯室
• 事務局
• 自動販売機コーナー
• 印刷室
• 食堂
• 講堂

プロムナードデッキ

• Sクラス客室（専用シャワー･トイレ付2名×24室）
• デラックス客室（専用シャワー･トイレ付2名×2室）
• 案内所
• 事務長室
• 事務室
• 食堂
• 理容室
• 美容室
• 売店

ボートデッキ

• ラウンジ
• サロン
• バー（2か所）
• 図書室
• 談話室
• 遊戯室
• ベランダ
• プール

ブリッジデッキ

• ベランダ

1989年に就航した多目的客船「ふじ丸」を元にクルーズ要素により力点を置き個人レジャークルーズにも対応できる仕様として、航海速力20ノットから12-13ノットの低速域まで経済的運航を考慮したものとした。公室はふじ丸が乗り込み口レベルに水平配置する下方水平配置だったものを本船は船尾よりの上下配置となるハイブリッド式を採用した。外観はオーソドックスさを基調にスピード感あふれる軽快さに力点が置かれている^[10]。

• 地下1階
  • テンダーゲート

• 1階
  • クリニック（診療所）
  • スタンダードステートルーム（18室）

• 2階
  • メインエントランス
  • フロントデスク
  • クルーズサロン
  • メインダイニングルーム「瑞穂」 - 初代ぶらじる丸の一等食堂をモチーフとした内装^[14]。
  • スモーキングラウンジ
  • スーペリアツインルーム（25室）

• 3階
  • フォトショップ「ドルフィン」
  • ツアーデスク
  • 大浴場「グランドバス」
  • 自動販売機
  • セルフランドリー
  • スーペリアツインルーム（54室）
  • コンフォートステートルーム（22室）

• 4階
  • プロムナードデッキ
  • ドルフィンホール
  • ドルフィンバー
  • スーペリアツインルーム（通常42室・車椅子対応2室・コンセプトルーム1室）
• 5階
  • カードルーム
  • eカフェ＆ライブラリー
  • ブティック「アンカー」
  • ショップ「ブイ」
  • ドルフィンラウンジ
  • カジノラウンジ「ビギナーズラック」
  • コンファレンスルーム
  • デラックスルーム
    • デラックスベランダ（14室）
    • デラックスツイン（2室）
    • デラックスシングル（6室）
  • オーシャンビュースイート（2室）
  • ビスタスイート（2室）
• 6階
  • ラウンジ「海」
  • マーメイドシアター
  • ミッドシップバー
  • オーシャンダイニング「春日」 - あるぜんちな丸の一等食堂をモチーフとした内装^[14]。夕食時のみスイート・デラックス乗客を対象に営業。
  • 寿司バー「潮彩」
  • 操舵室
  • 無線室
  • グランドスイートルーム（2室）
  • ビスタスイートルーム（4室）
  • ジュニアスイートルーム（3室）

• 7階
  • ホライズンラウンジ＆ホライズンデッキ
  • ホライズンバー

• 『富豪刑事デラックス』（朝日放送）（「プリンセス美和子号」の設定）
• 『喰いタン2』（日本テレビ）（主人公:高野聖也〈東山紀之〉がイタリアから横浜に帰国するときに乗ってきた。）
• 映画『名探偵コナン 水平線上の陰謀』（エンドロール部分）
• テレビCM『コナカ・ドナートヴィンチ編』（空撮）
• 『ドクターX〜外科医・大門未知子〜』（テレビ朝日）（第1期の最終回で大門未知子〈米倉涼子〉が出国するのに乗船。急患が発生し治療する。）
• 『バカリズムの30分ワンカット紀行』（BSテレ東）（第76回 豪華客船「にっぽん丸」をワンカット撮影）
• 『日本⇒インド洋!27000km!巨大客船に乗せてもらいましたSP』（テレビ東京）（2022年12月15日 - 2023年1月31日運航「にっぽん丸で航く モーリシャスプレシャスクルーズ～インド洋を巡る 楽園の船旅～」にて同乗取材。）

にっぽん丸に付属した初代のテンダーボートは、かつて独自の名前がつけられていた。右舷側が「あさなぎ」、左舷側が「ゆうなぎ」である。このテンダーボートは日本のクルーズ客船では珍しく、救命艇機能を有さないものであり、そのために漁船に近いフォルムであった。

大改装の際、上級客室へのベランダ設置のため、救命艇を大型化して数を減らすこととなり、この際両側各一艇がテンダーボートの役割を兼ねるため、両船ともにっぽん丸のテンダーボートとしての任務を離れた。救命艇はこの際廃船となったが、「あさなぎ」「ゆうなぎ」は売却されることとなった。

その後、「あさなぎ」は関東周辺を中心に沿海遊覧船事業を営む「ベルクルーズ」に買い取られた。同船は遊覧船「ゆ〜みんアルファ2」に改装されて熱海での遊覧船事業に使用された。その後後継船「ゆ〜みんジャック」の登場により大洗に移籍し、遊覧船「ゆ〜みんパイレーツ」として引き続き使用されている。一方の「ゆうなぎ」は築地川に留置されている。

グアム岸壁接触事故

2018年12月30日現地時間21時13分27秒ごろ、「ニューイヤー グアム・サイパンクルーズ」催行中のにっぽん丸は、グアム島アプラ港出港に際し港口に向けて左回頭中、離岸した岸壁の対岸にある米海軍の係船施設に船尾を衝突させた^[23]。この事故での死傷者は無し、船は右舷及び左舷船尾の外板に破口、桟橋のドルフィン (係留施設)を破損した^[23][24]。 ニューイヤークルーズは中止^[25]、乗客419名^[23]のうち病気・付添の2名を除く全員が2019年1月3日までに空路で帰国した^[23]。米海軍のデルタ桟橋修繕には300万ドルが必要と見積もられた^[26]。

事故時、船長は左舷ウイングにて前・後進及び船尾を左右に振る動きを制御するジョイスティックを操作していた。このとき、右舷側一杯に倒すべきジョイスティックを誤って船尾側一杯に倒し、船が後進したことが操船上の事故原因である^[23]。 先にウイングに出た水先人が船長が普段立つ場所にいたため船長はいつもとは異なる立ち位置で操船を行った。 ウイングにいる水先人と操船補佐の航海士、および船尾配置の航海士から、船が後進して対岸に近づいているとの情報や再三の前進操作の進言があるなか、船長は自分の手元や舵角・可変ピッチプロペラの翼角等を示す船外表示器を見ず、誤った操作を続けた。 衝突25秒前には航海士が介入して船首側一杯にジョイスティックを倒したが、船長は無言で船尾側一杯にジョイスティックを戻した。 事故後の再発防止策として、方向の錯誤防止のため、ジョイスティックスタンド上の方向表示や、操船者の立ち位置の床面表示などが実施された。

また事故後に米国沿岸警備隊が船長のアルコール検査を行ったところ呼気換算で日本の基準を超える濃度を検出し、船長は「気持ちを落ち着かせるために事故後に飲酒した」と証言している^[27]。事故前は、離岸3時間前の18時頃まで飲酒していた。これは当直開始4時間前以降の飲酒を禁ずる社内規定に違反する。量はアルコール度数9%のウイスキーソーダ350mlを1缶と度数6%ウイスキーソーダ350ml缶約半分。船長に酒気を感じたとの乗組員証言はなかったが、水先人は事故発生後にアルコールのにおいに気付いている^[23]。運輸安全委員会は操船開始時点で体内のアルコールが代謝されていたかは判定困難と結論した。

事故後本船は2019年1月14日に日本に戻り三菱重工業本牧工場にて修理後、1月28日の内閣府「世界青年の船」チャータークルーズから運航を再開した。