奈良時代には皇族が臣籍降下した際、母の姓を受け継いで藤原朝臣を賜姓されることもあった。藤原弟貞（山背王、長屋王の子）や藤原仲麻呂の養子となった石津王が該当する。しかし弟貞の子孫は永原朝臣を賜姓されて藤原氏を称することはなくなり、石津王は仲石伴と改名したとも伝えられるが、いずれにせよ後裔は不明なため、皇孫の藤原朝臣は残らなかった。

鎌足は藤原賜姓の翌日10月16日に没した^{[注釈 1]}。通説では、鎌足の子である不比等^{[注釈 2]}がその姓を引き継ぎ、以後不比等の流が藤原と認められたとされる。他方、この時に与えられた藤原の姓は鎌足一代のものであり、この時点で氏族としての藤原氏が成立したわけではないという見解もあり^[2]、後に改めて鎌足の遺族に藤原朝臣の姓が与えられたとする説もある^[7]。この見解は、鎌足の死後中臣氏を率いた右大臣・中臣金が壬申の乱で大友皇子（弘文天皇）方について敗北し処刑されたため、乱とは無関係の鎌足流も一時衰亡の危機を迎えたことを一因とする。

しかし乱後に即位した天武天皇は鎌足の娘である氷上娘と五百重娘を臣下出身としては最高位の后妃である「夫人」としており、鎌足の子孫を優遇する姿勢を示していた^[8]。天武天皇13年（684年）に八色の姓が定められた際には、朝臣姓を与えられた52氏の中に「藤原」の姓は登場しなかった。鎌足の嫡男である不比等を含めた鎌足の一族は、この際に「朝臣」を受けた「中臣氏」を名乗っていたとする。高島正人は翌天武天皇14年（685年）9月以前に、鎌足の遺族に対してあらためて「藤原朝臣」が与えられその範囲が定められた、としている^[7]。

八色の姓成立後は、不比等以外の中臣の一族が藤原朝臣を称することが多くなった^[9]。『日本書紀』天武天皇14年9月の記述では藤原朝臣大島（鎌足の従弟中臣渠毎の子）が天皇の衣服を賜ったという記述がある^[10]。大島は不比等が成長するまでの中継ぎとして暫定的に「氏上」（うじのかみ）に就いていたとみられている^[7]。『日本書紀』持統天皇4年（670年）には大島が「天神寿詞」を読んだという記述があるが、この際には「藤原朝臣」ではなく「中臣朝臣」として書かれている^[11]。倉本一宏は神祇を職掌とする「名負氏」中臣氏の代表として中臣姓を称したのではないかとしている^[11]。ただし持統7年の大島の死亡記事では「葛原（ふじわら）朝臣大島」と記載されている^[12]。またこの頃には意美麻呂も「葛原朝臣」と記述されるようになっている^[13]。

不比等は大舎人時代のの天武天皇7、8年頃（678年頃）に右大臣を務めた蘇我連子の娘・蘇我娼子を嫡妻として迎えている^[14]。これによって不比等は、大臣家である蘇我氏の尊貴性を自己の子孫の中に取り入れることができ、藤原氏は氏として成立したばかりであるにもかかわらず、蘇我氏の地位を受け継ぐ氏であることを支配者層に示した^[15][14]。

持統天皇3年（689年）2月、藤原朝臣史（不比等）は、中臣朝臣臣麻呂（中臣意美麻呂）（不比等の又従兄弟、鎌足の娘婿）とともに、判事に任官され正式な官人となった^[16]。文武天皇元年（697年）8月には、持統天皇の譲位により軽皇子（文武天皇）が即位した。不比等は葛野王とともにこの擁立を支え、娘の藤原宮子は天皇の夫人となった^[17]。

文武天皇2年（698年）8月、文武天皇は藤原の姓を不比等が継承し、意美麻呂らは神事に関わることから中臣の姓を称するように命じたことで、中臣氏と藤原氏は明確に分離された^[18]。これは政治を司る太政官と祭祀を司る神祇官が並立する体制となったことに対応するものであり、不比等とその子孫が政治に携わるということを示すものとなった^{[18][注釈 3]}。

不比等は下毛野古麻呂らとともに大宝律令と、それに続く養老律令を編纂して律令制度の確立に貢献した。大宝元年（701年）には高い位階を持ったものの子孫が高位に叙される蔭位制が開始された。これは正一位相当とされた鎌足の子孫にとって極めて優位な制度であり、不比等の家系が高い地位を得るもととなった^[19]。対して出身の段階で高い位階を得られない他の氏族は昇進も停滞するようになり、子孫に蔭位で高い位階をつけることはますます困難なものとなっていった^[20]。またこの頃不比等は後宮で勢力を持っていた県犬養三千代を後室に迎えている^[21]。

さらに宮子が首皇子（後の聖武天皇）を産むと、皇子の後宮にも娘の光明子（後の光明皇后）を入れて、天皇の姻戚としての地位を確立した。文武天皇以降、天皇のほとんどの后・妃が藤原氏の娘となる^[22]。

不比等の死後、外孫である首皇子（聖武天皇）が皇位に就くと、不比等の男子である武智麻呂・房前・宇合・麻呂の藤原四兄弟と天武天皇の孫である長屋王ら皇族を中心とする一派の対立が深まっていった。729年（天平元年）、長屋王の変が起こり長屋王は自害する。これは、藤原四兄弟が自分達の異母妹で天皇の妃である藤原光明子を史上初の皇族以外出自の皇后に立てるため、反対する長屋王を讒言により陥れた陰謀事件であったとされる。なお、光明子の立后によって藤原氏の地位が向上することは、藤原氏を母方の実家とする聖武天皇にとっても好都合であることから、天皇の意向を受けた政変であったとも解される。

藤原四兄弟は、それぞれ武智麻呂の南家、房前の北家、宇合の式家、麻呂の京家の4家に分かれ、藤原四家の祖となった。731年（天平3年）、役人達の投票によって四兄弟全員が議政官に昇った。これは藤原氏が単に後宮政策のみならず、不比等以来律令編纂に関わってきた実績をもって官僚組織を掌握していったことの証でもあった。この中で、京家は最も振るわず早々に政治の舞台から姿を消すこととなる。

737年（天平9年）、天然痘の大流行で藤原四兄弟が相次いで病死する。それを受けて橘諸兄、玄昉、吉備真備らが藤原氏の突出を抑えようと努めたが、光明皇后の信任を得た南家・藤原仲麻呂（武智麻呂の子）の台頭により抑えられた。仲麻呂は757年（天平宝字元年）には諸兄の子・橘奈良麻呂も排除した（橘奈良麻呂の乱）。仲麻呂は独裁的な権力を振るい、仲麻呂の一家には特に「恵美」を姓に加えられ、「藤原恵美朝臣」を称した。しかし光明皇太后の死後孝謙上皇の寵愛を得た道鏡が台頭し、764年（天平宝字8年）の藤原仲麻呂の乱で敗死した。

仲麻呂の失脚後も、重祚した称徳天皇（孝謙上皇）は、藤原氏の援助と支持を必要としていた。左大臣藤原豊成が没すると、北家の永手を右大臣・左大臣と相次いで昇進させ、首班公卿とした。この際に永手に対し、かつて天智天皇が「鎌足・不比等の子孫で明き浄き心を持ち朝廷に奉仕するものは必ず取り立て、その子孫を絶やさない」と述べたという書を示し、特別な一族であることを示している^[23]。

神護景雲4年（770年）、称徳天皇が後継を定めないまま没すると、後継となった光仁天皇の擁立に功があった式家の藤原良継・百川の勢力が強まった^[24]。しかし良継は間もなく没し、北家の魚名が台頭した^[25]。天応2年（782年）、魚名が氷上川継の乱で失脚すると、桓武天皇の近臣であった式家の種継が勢力を伸ばし始める^[26]。延暦4年（785年）に種継が暗殺されると、しばらくは南家の継縄・北家の内麻呂らによって政権が主導された^[27]。延暦12年（793年）9月には、藤原氏に限り、二世以下の女王と結婚することが許可された^[28]。

桓武天皇の跡を継いだ平城天皇は自身の擁立に功があった種継の子薬子・仲成を重用した^[29]。大同2年（807年）に伊予親王の変が発生し、南家の雄友・乙叡が失脚、南家の勢力は大きく衰退したが、これは仲成の策動によるものとされている^[30]。大同4年（809年）、平城天皇は弟の嵯峨天皇に譲位した。嵯峨天皇は内麻呂の子である北家の冬嗣を登用し、天皇の意思を直接太政官に伝える蔵人所の長官である蔵人頭に据えた^[31]。弘仁元年（810年）、内麻呂と冬嗣を中心とする嵯峨の宮廷はクーデターを起こして仲成を処刑し、平城の影響力を排除した^[32]。

冬嗣の子良房は嵯峨天皇の娘である源潔姫と結婚し、早くから藤原氏の中心人物となると見られていた^[33]。承和9年（842年）の承和の変では中納言に過ぎなかった良房に全ての処理が命じられた。この事件では式家から中納言吉野や東宮坊の官人5名が処分されている^[34]。この事件により良房の妹順子を母とする道康親王（後の文徳天皇）が立太子し、良房の優位は決定的なものとなった^[34]。

承和10年（843年）に式家最後の大臣である藤原緒嗣が没し、承和13・14年（848年～847年）に良房の兄弟である長良と良相が参議となると、以降の藤原氏の議政官はほぼ北家に独占されることとなった^[35]。嘉祥元年（848年）に良房が右大臣となると、以降は北家のみが大臣に登ることとなった^[35]。

良房は清和天皇の外戚となり、人臣で初めての摂政となった。そして、良房の養子・基経もまた、陽成天皇の外戚として摂政と関白を務めた。

藤原道長・頼通父子の代になると摂関政治の最盛期を極めた。道長の嫡流は御堂流とよばれ、藤氏長者・摂関に登りうる唯一の家、いわゆる摂関家とされ、他の公家とも隔絶した地位を得た。

一方で官人の大半が藤原氏の後裔で占められるようになり、それらの家系は家職をもった公家の家として続いていくこととなる^[36]。代表的な家系には中御門流（松木家、持明院家等）^[37]、閑院流^[38]、勧修寺流^[39]、日野流などがある。

平安時代末期以降には公家では称号、武家では名字と言われる「家名」が一般的となり、後世から「藤原」の氏を関して呼ばれる人物は少なくなっていく。

鎌倉時代に入ると、摂関家の嫡流は近衛家・九条家の二流に分裂し、近衛家からは鷹司家、九条家からは二条家・一条家が分かれた。これらは五摂家と呼ばれ、これらの家から摂関・藤氏長者を出すこととなった。

九条家の九条道家の子頼経は鎌倉幕府の将軍となり、その子の頼経とともに摂家将軍と呼ばれる。道家はこれにより朝廷と幕府に対して強い影響力を誇ったが、宮騒動と宝治合戦によって摂家将軍に代わって親王が迎えられる体制となった。代わって朝廷と幕府の連絡役である関東申次となった西園寺家の勢威が増大した。

武家政権の世となり藤原氏の影響力は低下したものの、鎌倉時代に勢力を張った藤原氏の武家として武蔵国の比企氏・安達氏、毛呂氏、下野国の小山氏・宇都宮氏、下総国の結城氏、常陸国の小田氏、伊豆国の伊東氏、相模国の山内氏、九州の少弐氏・菊池氏、幕府の官僚となった二階堂氏などが知られる。

室町時代になると、二条良基が室町幕府に接近し、将軍足利義満を朝廷に深く参画させることで、その安定を図ろうとした。このため二条家は将軍から代々偏諱を受けるなど 関係を深め、他の摂家平均の2倍以上の間摂関を務めることとなる^[41]。また日野家は義満以降の代々の将軍家御台所を出し、8代将軍義政の御台所であった日野富子は、明応の政変を主導するなど大きな影響力を持った。武家では関東管領を世襲した上杉氏が知られる。

戦国時代においては藤原氏の後裔を称する戦国大名が多く勢力を拡大した。陸奥国の伊達氏・津軽氏、肥前国の龍造寺氏・鍋島氏・肥前有馬氏が知られる。この時代、公家の多くは困窮し、摂家の一部が地方に在国することも行われた。なかでも一条教房は土佐国に下り、その子孫は公家でありながら地方権力として統治を行う、一種独特の体制を築きあげた（土佐一条氏）。近衛家は足利義晴・義輝父子に接近し、日野家に代わって将軍家御台所を出して幕政に深く関与した。この体制は足利―近衛体制とも呼ばれる^[42]。

江戸時代において、禁中並公家諸法度で確立された朝廷秩序は摂家の指導によって維持されるものとされた。江戸幕府を支えた譜代大名にも藤原氏を称する家があり、井伊氏・本多氏・大久保氏・内藤氏・戸田氏・田沼氏などがある。また下冷泉家の出身である藤原惺窩は儒学の研究で知られ、その弟子の林羅山の子孫である林家は代々大学頭として江戸幕府に影響を与えていた。

明治維新後、明治2年7月8日（1869年8月15日）の職員令の公布に伴い、任官者である政府の官僚・政治家は任官の証書である「官位記」や職員名簿に本姓で記載されることとなった^[43]。この時期に「藤原朝臣」を称していたのは内閣制度成立まで政府首班を務めた三条実美、維新の三傑である西郷隆盛と大久保利通などが知られる。明治4年10月12日（1871年11月24日）には姓氏を公用文書に書くことは廃止され、氏が公的な役割を果たすことはなくなった^[44]が、公家・大名諸侯が列せられた身分である華族の多くは藤原氏の一族であった。明治9年（1876年）に開始された宗族制度は華族を先祖ごとの「類」に分類するものであるが、藤原朝臣の「類」は最も多く、第42類から第63類までの21類におよぶ。これら藤原氏後裔の華族は多くの政治家などを輩出した。内閣総理大臣を2度務め、実質的な首相選定者であった元老となる西園寺公望、三度首相となった近衛文麿などが代表的である。

昭和41年（1966年）には藤原氏の後裔で構成される親睦団体「藤裔会」が組織され^[45]、年1回秋頃に全国の藤原氏の末裔が奈良市の春日大社で会合などが執り行われている。

• 藤原南家
  • 為憲流 - 工藤氏、伊東氏、伊藤氏、二階堂氏、相良氏など
• 藤原北家
  • 道兼流 - 宇都宮氏、小田氏
  • 長家流 - 那須氏
  • 勧修寺流 - 上杉氏、井伊氏、種子島氏
  • 小野宮流 -武蔵野國毛呂氏、
  • 山蔭流 - 伊達氏
  • 利仁流 - 斎藤氏、加藤氏、富樫氏、坪内氏
  • 秀郷流 - 奥州藤原氏、藤姓足利氏、山内氏　小山氏、佐野氏、小野崎氏、比企氏、佐藤氏、水谷氏、結城氏、桐生氏、波多野氏、近藤氏、伊藤氏、内藤氏、大友氏、少弐氏、龍造寺氏、立花氏、筑紫氏、長谷川氏など
  • その他 - 姉小路氏、有馬氏、菊池氏、備中笠原氏など
• 藤原京家
  • 直江氏

特に以下の名字は十六藤（じゅうろくとう） と呼ばれる。

• 01佐藤 - 下野国安蘇郡佐野荘
• 02伊藤 - 弾正台尹
• 03加藤 - 加賀介
• 04斎藤 - 斎宮寮頭
• 05後藤 - 備後国／^[53]
• 06近藤 - 近江掾
• 07遠藤 - 遠江守
• 08工藤 - 木工助
• 09安藤 - 信濃国安曇郡
• 10内藤 - 内舎人
• 11須藤 - 下野国那須郡
• 12武藤 - 武者所
• 13進藤 - 修理少進
• 14新藤 - 武蔵国新座郡
• 15神藤 - 諏訪神家
• 16春藤 - 大和国添上郡春日

十六藤以外で、藤原氏由来とされる苗字。藤を「とう」と読まない場合もある^[53]。

• 江藤 - 肥後国飽託郡大江
• 衛藤 - 衛府
• 海東（海藤） - 尾張国海東郡、羽前国西田川郡温海村
• 紀藤 - 紀伊国
• 岡藤 - 駿河国志太郡岡部
• 左藤 - 左衛門尉
• 信藤 - 信濃国埴科郡
• 首藤 - 主馬首
• 周藤 - 周防国
• 尾藤 - 尾張守
• 兵藤 - 兵衛府